IFK Uppsala var en av 468 klubbar från Sweden som hade lag som spelade under Gothia Cup 2016. De deltog med ett lag i Boys 18. Förutom IFK Uppsala spelade också 98 andra lag från 30 olika länder i Boys 18. De var uppdelade i 24 olika grupper, varav IFK Uppsala började i Group 11 tillsammans med Phoenix Football Academy, Näsets SK and Top Stars FC. IFK Uppsala tog sig vidare till Play off A efter att ha hamnat på 2:a plats i Group 11. Därefter tog de sig till 1/16 Final, men förlorade den mot IS Halmia med 1-2. I finalen slog BK Häcken JFV Hanse Lübeck och vann därmed hela Play off A i Boys 18. IFK Uppsala kommer från Uppsala som ligger ungefär 400 km från Göteborg, där Gothia Cup spelas. Från området kring Uppsala kommer också 13 andra klubbar (Among others: Sunnersta AIF, Storvreta IK, Gamla Upsala SK, Vaksala SK, Alsike IF, IK Sirius FK, Upsala IF, Märsta IK, Funbo IF and Uppsala Kurd FK) som kommer att delta i Gothia Cup 2016.