Värtans IK var en av 468 klubbar från Sweden som hade lag som spelade under Gothia Cup 2016. De deltog med ett lag i Boys 13. Förutom Värtans IK spelade också 137 andra lag från 32 olika länder i Boys 13. De var uppdelade i 34 olika grupper, varav Värtans IK började i Group 15 tillsammans med Heath & Regents Park FC, F.C. Beirut and Hjuviks AIK. Värtans IK tog sig vidare till Play off B efter att ha hamnat på 3:e plats i Group 15. Därefter tog de sig till 1/32 Final, men förlorade den mot VSK Osterholz-Scharmbeck med 0-3. I finalen slog Coerver Michigan Performance Academy IK Zenith och vann därmed hela Play off B i Boys 13. Värtans kommer från Stockholm som ligger ungefär 400 km från Göteborg, där Gothia Cup spelas. Från området kring Stockholm kommer också 66 andra klubbar (Among others: IFK Lidingö FK, Boo FF, Boo IS, Bollstanäs SK, Hammarby IF DFF, Saltsjö-Boo IF, Enskede IK, Årsta FF, Rönninge Salem Fotboll and IF Brommapojkarna) som kommer att delta i Gothia Cup 2016.