Förutom de två Eskilstuna City FK-lagen spelade också 175 andra lag från 29 olika länder i Boys 16. De var uppdelade i 44 olika grupper, varav Eskilstuna City FK 2 började i Group 19 tillsammans med Tynecastle Football Club, Club da Turma and IL Jotun. Eskilstuna City FK 2 tog sig vidare till Play off B efter att ha hamnat på 4:e plats i Group 19. Därefter tog de sig till 1/64 Final, men förlorade den mot Sävedalens IF med 0-5. I finalen slog Skiljebo SK Seatown FC och vann därmed hela Play off B i Boys 16. Eskilstuna City FK deltog även i Boys 15 under Gothia Cup 2012. Då tog de sig till 1/32 Final i Slutspel B, men förlorade den mot IF Böljan med 0-1.