FC Flora Tallinn var en av fyra klubbar från Estonia som hade lag som spelade under Gothia Cup 2013. De deltog med ett lag i Boys 13. Förutom FC Flora Tallinn spelade också 122 andra lag från 24 olika länder i Boys 13. De var uppdelade i 30 olika grupper, varav FC Flora Tallinn började i Group 7 tillsammans med SSC Hagen Ahrensburg 1, Ängelholms FF 1 and Kolsva IF. FC Flora Tallinn tog sig vidare till Play off A efter att ha hamnat på 1:a plats i Group 7. Därefter tog de sig till 1/8 Final, men förlorade den mot CEF 18 Tucuman med 1-2. I finalen slog IFK Stocksund CEF 18 Tucuman och vann därmed hela Play off A i Boys 13. FC Flora Tallinn kommer från Tallinn som ligger ungefär 760 km från Göteborg, där Gothia Cup spelas. Från området kring Tallinn kommer också två andra klubbar (TJK Legion Tallinn and FC Ajax - Tallinn) som kommer att delta i Gothia Cup 2013.