IFK Uppsala var en av 417 klubbar från Sweden som hade lag som spelade under Gothia Cup 2012. De deltog med ett lag i Boys 16. Förutom IFK Uppsala spelade också 188 andra lag från 34 olika länder i Boys 16. De var uppdelade i 47 olika grupper, varav IFK Uppsala började i Group 47 tillsammans med Kattem IL, IF Elfsborg and Rotenburger SV. IFK Uppsala tog sig vidare till Slutspel A efter att ha hamnat på 2:a plats i Group 47. Därefter tog de sig till 1/64 Final, men förlorade den mot FK Cementarnica 55 med 1-4. I finalen slog Paris F.C Cruzeiro EC och vann därmed hela Slutspel A i Boys 16. IFK Uppsala kommer från Uppsala som ligger ungefär 400 km från Göteborg, där Gothia Cup spelas. Från området kring Uppsala kommer också 15 andra klubbar (Among others: Upsala IF, Bollstanäs SK, Rosersberg IK, Rö IK, Gamla Upsala SK, Bälinge IF, IK Fyris, Håbo FF, Sunnersta AIF and Vaksala SK) som kommer att delta i Gothia Cup 2012.