FC Mecklenburg Schwerin var en av 65 klubbar från Germany som hade lag som spelade under Gothia Cup 2016. De deltog med ett lag i Boys 15. Förutom FC Mecklenburg Schwerin spelade också 224 andra lag från 35 olika länder i Boys 15. De var uppdelade i 55 olika grupper, varav FC Mecklenburg Schwerin började i Group 45 tillsammans med BK Häcken 1, Leiknir and Väsby IK. FC Mecklenburg Schwerin tog sig vidare till Play off A efter att ha hamnat på 1:a plats i Group 45. Därefter tog de sig till 1/16 Final, men förlorade den mot ISTEP med 0-3. I finalen slog ASIOP Apacinti IF Elfsborg och vann därmed hela Play off A i Boys 15. FC Mecklenburg Schwerin kommer från Schwerin som ligger ungefär 460 km från Göteborg, där Gothia Cup spelas.