Malmö FF var en av 468 klubbar från Sweden som hade lag som spelade under Gothia Cup 2016. De deltog med ett lag i Gothia Tipselit Trophy (B17). Förutom Malmö FF spelade också 35 andra lag från 13 olika länder i Gothia Tipselit Trophy (B17). De var uppdelade i 6 olika grupper, varav Malmö FF började i Group 6 tillsammans med Kalmar FF, HJK Helsinki and TikiTaka Academy. Malmö FF tog sig vidare till Play off A efter att ha hamnat på 2:a plats i Group 6. Därefter tog de sig till 1/8 Final, men förlorade den mot AIK FF med 1-2. I finalen slog IF Elfsborg Helsingborgs IF och vann därmed hela Play off A i Gothia Tipselit Trophy (B17). Malmö kommer från Malmö som ligger ungefär 160 km från Göteborg, där Gothia Cup spelas. Från området kring Malmö kommer också två andra klubbar (Nässjö FF and Hvetlanda GIF) som kommer att delta i Gothia Cup 2016.