Förutom FC Ajax - Tallinn spelade också 141 andra lag från 26 olika länder i Boys 13. De var uppdelade i 35 olika grupper, varav FC Ajax - Tallinn började i Group 7 tillsammans med Östansbo IS, TV Wellingholzhausen and Hovås-Billdal IF. FC Ajax - Tallinn tog sig vidare till Play off B efter att ha hamnat på 4:e plats i Group 7. Därefter tog de sig till 1/32 Final, men förlorade den mot Södertälje, FK med 0-4. I finalen slog Syrianska FC TSV Neudorf-Bornstein och vann därmed hela Play off B i Boys 13. FC Ajax - Tallinn deltog även i Boys 12 under Gothia Cup 2013. Då tog de sig till 1/32 Final i Play off B, men förlorade den mot Shilla FC 1 med 1-11.