Förutom Märsta IK spelade också 176 andra lag från 29 olika länder i Boys 16. De var uppdelade i 44 olika grupper, varav Märsta IK började i Group 8 tillsammans med MTV Treubund Lüneburg 2, Roanoke Star Premier and Skjetten SK. Märsta IK tog sig vidare till Play off B efter att ha hamnat på 3:e plats i Group 8. Därefter tog de sig till 1/4 Final, men förlorade den mot Skiljebo SK med 7-8. I finalen slog Skiljebo SK Seatown FC och vann därmed hela Play off B i Boys 16. Märsta IK deltog även i Boys 15 under Gothia Cup 2012. Då tog de sig till 1/32 Final i Slutspel A, men förlorade den mot Lobatos Foot med 0-1.