FK Karlskrona var en av 395 klubbar från Sweden som hade lag som spelade under Gothia Cup 2013. De deltog med ett lag i Girls 13. Förutom FK Karlskrona spelade också 39 andra lag från 7 olika länder i Girls 13. De var uppdelade i 10 olika grupper, varav FK Karlskrona började i Group 9 tillsammans med Oppsal IF, Enebybergs IF and Snaefellsnes. FK Karlskrona tog sig vidare till Play off B efter att ha hamnat på 3:e plats i Group 9. Därefter tog de sig till 1/8 Final, men förlorade den mot BK Häcken med 3-4. I finalen slog Marin FC Darlington Soccer Club och vann därmed hela Play off B i Girls 13. FK Karlskrona kommer från Karlskrona som ligger ungefär 280 km från Göteborg, där Gothia Cup spelas. Från området kring Karlskrona kommer också fem andra klubbar (Torsås GoIF, Kristianopels GOIF, Rödeby AIF, Karlskrona FF and Nättraby GoIF) som kommer att delta i Gothia Cup 2013.