Puebla FC var en av 11 klubbar från Mexico som hade lag som spelade under Gothia Cup 2013. De deltog med ett lag i Boys 12. Förutom Puebla FC spelade också 164 andra lag från 37 olika länder i Boys 12. De var uppdelade i 41 olika grupper, varav Puebla FC började i Group 21 tillsammans med IFK Göteborg 1, FK Sarajevo 1 and Tyresö FF CF Röd. Puebla FC tog sig vidare till Play off A efter att ha hamnat på 1:a plats i Group 21. Därefter tog de sig till 1/8 Final, men förlorade den mot KF Gjakova med 2-5. I finalen slog KF Gjakova Halmstads BK och vann därmed hela Play off A i Boys 12.