Panevėžio FA var den enda klubben från Lithuania som hade lag som spelade under Gothia Cup 2013. De deltog med ett lag i Boys 15. Förutom Panevėžio FA spelade också 176 andra lag från 32 olika länder i Boys 15. De var uppdelade i 44 olika grupper, varav Panevėžio FA började i Group 34 tillsammans med Rengsjö SK, Rotenburger SV and Tidaholms GIF. Panevėžio FA tog sig vidare till Play off A efter att ha hamnat på 1:a plats i Group 34. Därefter tog de sig till 1/8 Final, men förlorade den mot Bollstanäs SK 1 med 0-1. I finalen slog Club América J-L Juniors och vann därmed hela Play off A i Boys 15.