Förutom de två IFK Lidingö FK-lagen spelade också 175 andra lag från 29 olika länder i Boys 16. De var uppdelade i 44 olika grupper, varav IFK Lidingö FK 1 började i Group 23 tillsammans med Lerums IS, TSV Uesen and Aga Khan Mzizima Secondary School. IFK Lidingö FK 1 tog sig vidare till Play off A efter att ha hamnat på 1:a plats i Group 23. Därefter tog de sig till 1/4 Final, men förlorade den mot Kampala Junior Team med 1-4. I finalen slog Kampala Junior Team Consadole Sapporo och vann därmed hela Play off A i Boys 16. IFK Lidingö FK deltog även i Boys 15 under Gothia Cup 2012. Då tog de sig till 1/32 Final i Slutspel B, men förlorade den mot Sundbybergs IK 1 med 0-1.