Förutom Fyllingsdalen FK spelade också 122 andra lag från 24 olika länder i Boys 13. De var uppdelade i 30 olika grupper, varav Fyllingsdalen FK började i Group 12 tillsammans med Aga Khan Mzizima Secondary School, Saltsjöbadens IF and Vallens IF. Fyllingsdalen FK tog sig vidare till Play off A efter att ha hamnat på 1:a plats i Group 12. Därefter tog de sig till 1/16 Final, men förlorade den mot FC Amhult med 1-2. I finalen slog IFK Stocksund CEF 18 Tucuman och vann därmed hela Play off A i Boys 13. Fyllingsdalen FK deltog även i Boys 12 under Gothia Cup 2012. Då tog de sig till 1/8 Final i Slutspel A, men förlorade den mot IF Brommapojkarna 1 med 1-3.