Jokkmokks SK var en av 395 klubbar från Sweden som hade lag som spelade under Gothia Cup 2013. De deltog med ett lag i Boys 16. Förutom Jokkmokks SK spelade också 176 andra lag från 29 olika länder i Boys 16. De var uppdelade i 44 olika grupper, varav Jokkmokks SK började i Group 37 tillsammans med Rapid Bukarest, Strømmen IF and FK Bromma. Jokkmokks SK tog sig vidare till Play off B efter att ha hamnat på 4:e plats i Group 37. Därefter tog de sig till 1/64 Final, men förlorade den mot IFK Östersund Vit med 0-2. I finalen slog Skiljebo SK Seatown FC och vann därmed hela Play off B i Boys 16. Jokkmokks SK kommer från Jokkmokk som ligger ungefär 1100 km från Göteborg, där Gothia Cup spelas.