FC Levadia var en av fyra klubbar från Estonia som hade lag som spelade under Gothia Cup 2012. De deltog med ett lag i Boys 12. Förutom FC Levadia spelade också 140 andra lag från 32 olika länder i Boys 12. De var uppdelade i 34 olika grupper, varav FC Levadia 1 började i Group 16 tillsammans med Vallens IF, JSSL Arsenal Singapore and Saltsjöbadens IF 2. FC Levadia 1 tog sig vidare till Slutspel A efter att ha hamnat på 2:a plats i Group 16. Därefter tog de sig till 1/32 Final, men förlorade den mot Värmdö IF 1 med 3-4. I finalen slog IF Elfsborg Efthymiades FA och vann därmed hela Slutspel A i Boys 12.