FC Neumünster Zürich var en av tre klubbar från Switzerland som hade lag som spelade under Gothia Cup 2012. De deltog med ett lag i Boys 16. Förutom FC Neumünster Zürich spelade också 188 andra lag från 34 olika länder i Boys 16. De var uppdelade i 47 olika grupper, varav FC Neumünster Zürich började i Group 46 tillsammans med Asarums IF/FK, Runar, IL and Kungsbacka IF. FC Neumünster Zürich tog sig vidare till Slutspel B efter att ha hamnat på 4:e plats i Group 46. Därefter tog de sig till 1/32 Final, men förlorade den mot Airbus Academy 1 med 1-3. I finalen slog InterClubes FBK Karlstad och vann därmed hela Slutspel B i Boys 16. FC Neumünster Zürich kommer från 8304 Wallisellen som ligger ungefär 1200 km från Göteborg, där Gothia Cup spelas.