FC Flora Tallinn var en av fyra klubbar från Estonia som hade lag som spelade under Gothia Cup 2017. De deltog med ett lag i Boys 13. Förutom FC Flora Tallinn spelade också 137 andra lag från 26 olika länder i Boys 13. De var uppdelade i 34 olika grupper, varav FC Flora Tallinn började i Group 6 tillsammans med Carpe Diem FC, BVH Fotball 1 and Kungsladugårds BK. FC Flora Tallinn tog sig vidare till Play off A efter att ha hamnat på 1:a plats i Group 6. Därefter tog de sig till 1/32 Final, men förlorade den mot Ligi Ndogo SC med 1-2. I finalen slog Antiguoko Coerver Coaching Tunisie och vann därmed hela Play off A i Boys 13. FC Flora Tallinn kommer från Tallinn som ligger ungefär 760 km från Göteborg, där Gothia Cup spelas. Från området kring Tallinn kommer också två andra klubbar (Nõmme United FC and FC Ajax - Tallinn) som kommer att delta i Gothia Cup 2017.