Förutom KFV Segeberg spelade också 173 andra lag från 37 olika länder i Boys 12. De var uppdelade i 42 olika grupper, varav KFV Segeberg började i Group 35 tillsammans med Wizard FC, Kållered SK and Jaro FF 2. KFV Segeberg tog sig vidare till Play off A efter att ha hamnat på 1:a plats i Group 35. Därefter tog de sig till 1/32 Final, men förlorade den mot Antiguoko med 3-5. I finalen slog Lizzy Football Club SC Nienstedten och vann därmed hela Play off A i Boys 12. KFV Segeberg deltog även i Boys 11 under Gothia Cup 2016. Då hamnade de på andra plats i Play off A efter att de förlorat finalen mot Lizzy Football Club med 3-5.